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遺伝子組み換え作物に対する安全性の確認は、生物多様性影響（環境に対する安全性）の評価と食品及び飼料としての安全性の評価に大別されます。そして、これらの安全性評価は、個々の遺伝子組み換え作物ごとに行われています。 日本での遺伝子組み換え作物の審査は、生物多様性影響は農林水産省と環境省が行い、飼料としての安全性は農林水産省、食品としての安全性は厚生労働省が行います。 また、こうした安全評価は経済協力開発機構（OECD）および世界保健機構（WHO）、国連食糧農業機関（FAO）による国際基準に沿って、組み換えられる前の作物との比較等によって行われています。

遺伝子組み換え作物の安全性評価の仕組み

たとえば、化学物質のリスクであれば、毒性の強さと摂取量で決まりますから、科学者や専門家が科学的にリスク評価をして基準値等を定めます。しかし消費者の気持ちとしては、ある化学物質の毒性の強さが強調されると、ついつい摂取量の概念については忘れられ「○○は危険だ」ということになりがちです。 このように消費者が求めるのは「有害」か「無害」か、二者択一になりがちです。化学物質については、有害性を主張するのはたやすいのですが、１００％安全だと証明することは現代の科学ではなかなか困難です。そこでいくら科学的に安全性が確認されているものでも、「安心」という気持ちは得られないこともあります。 そこで安全と安心を少しでもつなげるために、リスクの概念について消費者に理解してもらおうと、現在リスクコミュニケーションという情報伝達の手法が求められています。絶対的にいいか、絶対的に悪いか、どちらかに話が分かれてしまわないよう、科学的な話をわかりやすく、きちんと伝えることが必要になっているのです。
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食品としての安全性評価

食品としての安全性の審査は2001年4月から食品衛生法によって義務づけられました。法的な安全性審査の手続きを経て、厚生労働大臣によって許可されたものだけが、輸入や国内での販売等が認められています。
許可にあたっては、厚生労働大臣は、内閣府の食品安全委員会に意見を聞くことになっています。開発者が提出した安全性評価の詳細な資料が、遺伝子組み換え食品専門調査会において、専門家によって慎重に審査されます。評価は、安全性評価基準に基づいて、最新の科学的知見を導入して行われます。専門調査会で安全性が確認された後、さらに食品安全委員会で審議されて、最終的に食品としての安全性に問題が無いと判断されれば、その旨が厚生労働省に報告されます。
安全性審議の途中、最終的な確認を行う前に、国民からも広く情報や意見（パブリックコメント）を求めます。食品安全委員会は誰でも傍聴することができ、会議の配布資料や議事録はホームページでも公開されます。（社）日本食品衛生協会（東京と大阪の２ヶ所）では、安全性審査の関連資料が公開されています。
遺伝子組み換え農作物の食品としての安全性評価項目の例
元の作物の情報 学名、品種名及び系統名。 食用に利用されてきた歴史及び広範囲なヒトでの安全な食経験。
毒性物質及び栄養阻害物質等の有害生理活性物質の有無。
アレルギー誘発性に関する知見が明らかであることなど。
導入遺伝子などの情報 導入遺伝子の由来・機能・塩基配列。
作物への導入方法。
遺伝子はどのように挿入されたのか、導入遺伝子は１個か重複して入っているか、欠失があるか。
宿主に挿入されたＤＮＡの近傍のＤＮＡ配列。
導入された遺伝子の発現部位、発現時期及び発現量。
導入遺伝子から産生されるタンパク質の性質、機能、有害作用の有無。ヒトのタンパク質一日摂取量の有意な量を占めていないか。
目的のタンパク質以外のタンパク質を発現する可能性はないか。
導入遺伝子の遺伝的安定性と発現の安定性など。
食品の安全性に関する情報
  • 発現タンパク質のアレルギー誘発性・毒性（もともとアレルギー誘発性や毒性の知られたタンパク質か、既知のアレルゲンや毒素との相同性、人口胃液や人口腸液に対する感受性など）
  • 栄養素（炭水化物、タンパク質、脂質、灰分、アミノ酸組成、脂肪酸組成など）・有害物質などについて、元の作物と組み換え作物との比較など
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