遺伝子組み換え農作物が、日本で流通する食品に使用されるようになったのは、1997年からです。当時は厚生省（現・厚生労働省）によって安全性が確認された遺伝子組み換え農作物（除草剤の影響を受けない大豆や害虫に強いトウモロコシなど）が輸入されており、安全性が確認されたものにわざわざ表示をするのはかえって誤解を招く、ということから表示は義務付けられていませんでした。
その後、消費者団体等から「どの製品に遺伝子組み換え農産物を用いているのか、知りたい」という要望が寄せられるようになり、農林水産省によって消費者の代表や生産・流通業者、専門家による表示問題懇談会が設けられて、1997年より2年半にわたる議論が行われました。その結果、JAS法を改正して遺伝子組み換え食品の表示制度を盛り込むことを決め、2001年4月から表示制度が本格的にスタートしています （http://www.maff.go.jp/soshiki/syokuhin/heya/idensituuti.pdf）
また厚生労働省でも、食品衛生法において、JAS法と同じ内容の表示制度を同時期から実施しています。（http://www.mhlw.go.jp/topics/0103/tp0329-2a.html）

遺伝子組み換え食品の表示制度は、検査によって遺伝子組み換え農作物を使っているかどうか確認できるものに、表示を義務付けるというものです。というのも、食品の表示は消費者に正しい情報を伝えるものでなくてはならず、もし検査によって確認できないものに表示をすることになると、偽装表示も起こりかねないからです。
現在流通している遺伝子を組み換え農作物は、既存の農作物と比べて、主要構成成分、アミノ酸組成、脂肪酸組成などの栄養素に、差はありません。唯一異なるのは、組み込んだDNAと、そのDNAによって作られるタンパク質が新たに作られるという点です。しかし、食品の加工の方法によっては、その異なる点さえも分解や分離、除去されてしまうため、最終製品を調べても、遺伝子組み換え農作物を原料として使っているのか、いないのか区別することができません。
そこで、検査によって、組み込んだDNAや組み込んだDNAによって新たに作られたタンパク質が検出できる加工食品については、表示が義務付けられているのです。
現在流通している食品のうち、大豆、トウモロコシ、ジャガイモを主な原料とする30食品群の加工食品が義務表示対象となっています（表1）。
なお、行政機関では適正に表示が行われているかどうか、定期的に検査を行って確かめています。

遺伝子組み換え農作物を使っている場合には「遺伝子組み換え」と、また特に分けずに使っている場合には「遺伝子組み換え不分別」と表示することが義務付けられています。よく店頭で豆腐などによくみかける「遺伝子組み換えでない」という表示は、メーカー側が自主的に表示を行っているもので、義務表示ではありません。なお、遺伝子組み換え食品でも従来のものと組成や栄養価が著しく異なるものについては、表示が義務付けられます（JAS法においてのみ）

遺伝子組み換えの農作物が混ざらないように管理された原料であることを裏付ける証明書つきの原材料を使った場合にのみ、「遺伝子組み換えではありません」という表示をすることが許されます。
遺伝子組み換え農作物は通常、栽培国内では非組み換え農作物と特に区別されることなく流通しています。それは、流通が認められている遺伝子組み換え農作物は、従来の農作物と同じように安全であることが事前に確認されており、また、その構成成分や栄養価も従来の農作物と同じであるためです。
そこで、非遺伝子組み換え農作物のみ分別するためには、特別なコストをかけて農場から製造工場に原料が到着するまでの全ての流通過程で、厳密な管理を行う必要があります。
このようなシステムをIPハンドリング（分別生産流通管理）といい、IPハンドリングを行って分別管理したことを証明する書類が発行されます。IPハンドリングを行っていることの証明書は、農作物が生産者から流通業者、輸出入業者、加工業者へと渡る各ポイントで発行され、最終的に全てのチェックポイントで適切な分別管理が行われたことが確認される必要があります。全ての書類がそろって初めて適切なIPハンドリングが実施されたということができ、これをもとに加工業者は「遺伝子組み換えでない」と任意で表示することができます。
このように、厳密な管理の下、栽培農家や流通にかかわる人は、細心の注意を払って分別管理を行っていますが、現実には遺伝子組み換えのものがわずかに混ざってしまうことがあります。これは、農家から食品加工業までには様々な流通段階があって、それぞれ同じ流通ラインを用いているためです。非遺伝子組み換えのものだけ流通させるときは、通常の流通をいったんストップさせてから、コンベアーや倉庫内を清掃してからラインに流します。しかし、清掃してもラインに数粒、遺伝子組み換えのものが残っていたりすることもあり、現状では絶対に混ざらないようにすることは不可能です。
このため日本では、現在の流通システムを鑑みて、遺伝子組み換え農作物の混入率5％未満なら、適正なIPハンドリングが行われたと認めています。ただし、IPハンドリングの証明書がそろっていることが前提ですので、たとえ混入率が5％未満であっても、証明書に不備があれば「遺伝子組み換え不分別」の表示が義務付けられることになります。