食品としての安全性の審査は2001年4月から食品衛生法によって義務づけられました。法的な安全性審査の手続きを経て、厚生労働大臣によって許可されたものだけが、輸入や国内での販売等が認められています。
許可にあたっては、厚生労働大臣は、内閣府の食品安全委員会に意見を聞くことになっています。開発者が提出した安全性評価の詳細な資料が、遺伝子組み換え食品専門調査会において、専門家によって慎重に審査されます。評価は、安全性評価基準に基づいて、最新の科学的知見を導入して行われます。専門調査会で安全性が確認された後、さらに食品安全委員会で審議されて、最終的に食品としての安全性に問題が無いと判断されれば、その旨が厚生労働省に報告されます。
安全性審議の途中、最終的な確認を行う前に、国民からも広く情報や意見（パブリックコメント）を求めます。食品安全委員会は誰でも傍聴することができ、会議の配布資料や議事録はホームページでも公開されます。（社）日本食品衛生協会（東京と大阪の２ヶ所）では、安全性審査の関連資料が公開されています。